Les modernistes et les catholiques reconnaissent tous deux que l’homme possède une dignité naturelle, fondée principalement sur le libre exercice de la raison et de la volonté, ses deux facultés maîtresses. Ils s'accordent à dire que personne ne doit violer cette liberté humaine fondamentale, pas même pour imposer ce qui est vrai ou bon.
La conscience humaine érigée en juge suprême
Les catholiques et les modernistes divergent toutefois à propos du bon usage de cette liberté. Le modernisme affirme que la conscience humaine est l'arbitre suprême du bien et du mal pour chaque individu, ce qui implique que tout le monde peut agir à sa guise, sauf dans les cas où cette action mettrait en danger les droits de quelqu'un d'autre. Le catholicisme insiste sur le fait que cette liberté est un grand don de Dieu et peut être exercée bien ou mal. Choisir ce qui est objectivement bon et conforme à la volonté de Dieu est l’opération correspondant à la nature même de la liberté. D'autre part, choisir ce qui est objectivement mal et contraire à la volonté de Dieu est un abus. Personne n'a le droit d'abuser de cette liberté, même si elle ne semble pas nuire directement à quelqu'un d'autre parce qu’un tel abus s'oppose toujours à Dieu et l’offense lui, le Bien suprême.
Le modernisme enseigne que l’homme, selon ses croyances subjectives et conformément à sa liberté naturelle, peut choisir la religion qui lui plaît, alors que le catholicisme affirme que l'homme a le devoir strict de choisir la religion qui s’accorde avec la vérité objective et le plan établi par Dieu pour l'univers. Une personne peut négliger ce devoir et choisir une religion fausse, mais un tel acte est un abus sournois de la liberté, et non pas la digne expression de celle-ci.
Liberté de choisir le bien
Ces conceptions divergentes de la liberté engendrent deux manières de définir la liberté religieuse. L'homme, selon le catholicisme, n'est libre que de choisir ce qui est bon et de croire ce qui est objectivement vrai. Beaucoup d'hommes, néanmoins, font de mauvais choix et embrassent les fausses religions. La société ne peut jamais louer, encourager ou soutenir leur malheureuse décision. Elle peut cependant parfois tolérer ces abus individuels de la liberté afin de maintenir la paix temporelle, tout en encourageant les adeptes des fausses religions à voir les erreurs dans lesquelles ils s’embourbent et à se convertir à la vraie foi.
Le modernisme, quant à lui, défend et fait l'éloge du droit de tout homme à choisir la religion qui lui plaît, que ce choix soit bon ou mauvais, ou que sa religion soit vraie ou fausse. Tant que cet exercice de la liberté ne nuit pas directement et physiquement à quelqu'un d'autre, elle doit être autorisée et respectée pour le bien de la paix et de la prospérité temporelle.
La tolérance illimitée est la grande vertu du moderniste alors que le respect de Dieu et le bien moral de tous les hommes est la préoccupation du catholique. Le modernisme pousse aux nues l’autonomie individuelle de chaque homme. Le catholicisme d’abord et avant tout aime, honore et obéit à Dieu ; il cherche à préserver les hommes de l'erreur, même si cela signifie condamner et s'opposer aux fausses religions.